Los gobiernos estatal y federal establecieron acuerdos para reducir las afectaciones en movilidad y zonas urbanas durante las obras del Tren México-Querétaro-Irapuato.
Entre las medidas, cualquier intervención fuera del derecho de vía federal deberá contar con permisos estatales y municipales, además de informar previamente a vecinos y sectores involucrados.
También se compartirán los proyectos técnicos de las estaciones de San Juan del Río, El Marqués y Querétaro para desarrollar un plan de movilidad. En caso de afectar árboles urbanos, se priorizará su trasplante o, cuando no sea posible, medidas de compensación.

